Przetargi.pl
Wykonanie usługi sukcesywnego sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskiwanie sekwencji całogenomowych typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 165 próbek z mapowalnym pokryciem x10

Instytut Dendrologii PAN ogłasza przetarg

  • Adres: 62-035 Kórnik, ul. Parkowa
  • Województwo: wielkopolskie
  • Telefon/fax: tel. 618 170 033, , fax. 618 170 166
  • Data zamieszczenia: 2020-10-27
  • Zamieszczanie ogłoszenia: obowiązkowe

Sekcja I - Zamawiający

  • I.1. Nazwa i adres: Instytut Dendrologii PAN
    ul. Parkowa 5
    62-035 Kórnik, woj. wielkopolskie
    tel. 618 170 033, , fax. 618 170 166
    REGON: 32615000000000
  • Adres strony internetowej zamawiającego: http://www.idpan.poznan.pl/bip/
  • I.2. Rodzaj zamawiającego: Nauka (Instytut Naukowy Polskiej Akademii Nauk)

Sekcja II - Przedmiot zamówienia, przetargu

  • II.1. Określenie przedmiotu zamówienia
  • II.1.1. Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
    Wykonanie usługi sukcesywnego sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskiwanie sekwencji całogenomowych typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 165 próbek z mapowalnym pokryciem x10
  • II.1.2. Rodzaj zamówienia:
  • II.1.3. Określenie przedmiotu oraz wielkości lub zakresu zamówienia:
    Przedmiotem zamówienia jest wykonanie usługi sukcesywnego sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskanie sekwencji całogenomowych w wyniku sekwencjonowania typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 165 próbek z mapowalnym głębokim pokryciem x10. Usługa wykonana zostanie z wykorzystaniem materiału Fagus orientalis dostarczonego przez Zamawiającego w postaci 165 prób wyizolowanego genomowego DNA. Zamawiający dokona oceny parametrów jakościowych i ilościowych próbek genomowego DNA (czystości, jakości i stężenia). Próbki dostarczane będą w dwóch płytkach 96-dołkowych typu DNA LoBind Plates. Zamawiający planuje wysłanie próbek w dwóch transzach. Koszty transportu próbek w suchym lodzie pokrywa Zamawiający. Niewymagany jest zwrot niewykorzystanego materiału po zakończeniu sekwencjonowania. W zakres świadczonej usługi dla zadania muszą wchodzić: 1. Kontrola jakości dostarczonych próbek do sekwencjonowania. 2. Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego genomowego DNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS przy pomocy sekwenatora firmy Illumina. Biblioteki zostaną przygotowane wyłącznie przy użyciu oryginalnych, licencjonowanych i zweryfikowanych zestawów Illumina. Strona zamawiająca nie dopuszcza użycia odpowiedników i niezwalidowanych zestawów. 3. Kontrole jakości przygotowanych bibliotek. Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Bioanalyzer Qubit lub Tapestation. 4. Sekwencjonowanie na platformie HiSeq 4000 lub NovaSeq6000 lub wyżej z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości odczytu 2x150bp z głębokim pokryciem x10. Spodziewana średnia liczba odczytów na próbkę powinna wynosić ok. 5.5 Gbp. Poziom zduplikowanych odczytów w zakresie <5%. Jeśli poziom przekroczy 5%, próbka będzie dalej sekwencjonowania, aby dostarczyć określoną ilość danych. Przynajmniej 80% zsekwencjonowanych par zasad powinno mieć odczyt o jakości Qscore>30 lub więcej. 5. Wygenerowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek. 6. Wstępna obróbka informatyczna uzyskanych danych obejmująca demultipleksowanie i przycinanie adaptorów. Ponadto Wykonawca przeprowadzi standardową kontrolę jakości danych (jakość i ilość) przed dostarczeniem ich do Zamawiającego. 7. Dostarczenie plików wynikowych w formacie Fastq dla 165 próbek na 8Tb HDD dostarczonych przez Zamawiającego, odsyłanych do Strony zamawiającej po wypełnieniu danymi na koszt Zamawiającego. 8. Wsparcie techniczne w trakcie przygotowywania przez Zamawiającego prób do sekwencjonowania oraz bieżące informowanie Zamawiającego o postępach i etapach pracy poprzez regularną komunikację z dedykowanym przez serwis prowadzącym projekt. 9. Zamawiający gwarantuje realizację usługi na poziomie min. 70%.
  • II.1.4. Wspólny Słownik Zamówień (CPV): 73111000-3
  • II.1.5. Czy dopuszcza się złożenie oferty częściowej: nie

Sekcja III - Informacje o charakterze prawnym, ekonomicznym, finansowym i technicznym

  • III.2. Warunki udziału
  • Informacja o oświadczeniach i dokumentach, jakie mają dostarczyć wykonawcy w celu potwierdzenia spełniania warunków udziału w postępowaniu: Zamawiający przed udzieleniem zamówienia, wezwie Wykonawcę, którego oferta została najwyżej oceniona, do złożenia w wyznaczonym, nie krótszym niż 5 dni terminie, aktualnych na dzień złożenia oświadczeń i dokumentów: Wykaz podobnych usług sekwencjonowania DNA wykonanych w okresie ostatnich pięciu lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy - w tym okresie, wraz z podaniem ich rodzaju, wartości, daty i podmiotów, na rzecz których usługi te zostały wykonane, oraz kserokopię posiadanego certyfikatu jakości, z załączeniem dowodów określających czy usługi zostały wykonane należycie, przy czym dowodami, o których mowa, są referencje bądź inne dokumenty wystawione przez podmiot, na rzecz którego usługi były wykonywane, a jeżeli z uzasadnionej przyczyny o obiektywnym charakterze Wykonawca nie jest w stanie uzyskać tych dokumentów – inne dokumenty. Wzór wykazu stanowi załącznik nr 3 do niniejszej SIWZ. Odpis z właściwego rejestru lub z centralnej ewidencji i informacji o działalności gospodarczej, jeżeli odrębne przepisy wymagają wpisu do rejestru lub ewidencji, w celu potwierdzenia braku podstaw do wykluczenia w oparciu o art. 24 ust. 5 pkt. 1 Ustawy Pzp.

Sekcja IV - Procedura przetargowa

  • IV.1. Tryb udzielenia zamówienia
  • IV.1.1. Tryb udzielenia zamówienia: przetarg nieograniczony
  • IV.2. Kryteria oceny ofert
  • IV.2.2. Wykorzystana będzie aukcja elektroniczna: nie
  • IV.3. Informacje administracyjne
  • IV.3.5. Termin związania ofertą:

Zobacz następny przetargZobacz poprzedni przetargPobierz ofertę w pliku pdfPowrót na stronę główną

Podobne ogłoszenia o przetargach