Przetargi.pl
sekwencjonowanie genomowe small/total RNA z ekosomów pochodzących od psów (Canis lupus)

Państwowy Instytut Weterynaryjny - Państwowy Instytut Badawczy ogłasza przetarg

  • Adres: 24-100 Puławy, Al. Partyzantów
  • Województwo: lubelskie
  • Telefon/fax: tel. 818 893 000 , fax. 818 862 595
  • Data zamieszczenia: 2019-04-19
  • Zamieszczanie ogłoszenia: obowiązkowe

Sekcja I - Zamawiający

  • I.1. Nazwa i adres: Państwowy Instytut Weterynaryjny - Państwowy Instytut Badawczy
    Al. Partyzantów 57
    24-100 Puławy, woj. lubelskie
    tel. 818 893 000, fax. 818 862 595
    REGON: 80252000000000
  • Adres strony internetowej zamawiającego: www.piwet.pulawy.pl
  • I.2. Rodzaj zamawiającego: Instytut Badawczy

Sekcja II - Przedmiot zamówienia, przetargu

  • II.1. Określenie przedmiotu zamówienia
  • II.1.1. Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
    sekwencjonowanie genomowe small/total RNA z ekosomów pochodzących od psów (Canis lupus)
  • II.1.2. Rodzaj zamówienia:
  • II.1.3. Określenie przedmiotu oraz wielkości lub zakresu zamówienia:
    Przedmiotem zamówienia jest usługa sekwencjonowania small/total RNA z eksosomów pochodzących od psów (Canis lupus) 1. Przygotowanie bibliotek z powierzonego RNA pochodzącego z eksosomów (8 próbek): - 4 próbki small RNA (smRNA, kit: SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina, Takara), - 4 próbki total RNA (kit: SMARTer Universal Low Input RNA kit + TruSeq library construction) 2. Sekwencjonowanie 4 prób smRNA na platformie Illumina HiSeq2500, 1 ścieżka w konfiguracji 2x100 nt w trybie High Throughput Mode. 3. Po przeanalizowaniu wyników (pkt 2) decyzja zamawiającego o dalszym postępowaniu: 3.1 Sekwencjonowanie 4 prób total RNA na platformie Illumina HiSeq2500, 1 ścieżka w konfiguracji 2x100 nt w trybie High Throughput Mode lub 3.2 Sekwencjonowanie dodatkowe 4 prób smRNA na platformie Illumina HiSeq2500, 1 ścieżka w konfiguracji 2x100 nt w trybie High Throughput Mode, biblioteki total RNA odesłane do zamawiającego 4. Koszty transportu próbek transportem lotniczym ponosi wykonawca. 1. Wykonawca dopuszcza do wysyłki próbek w suchym lodzie (do 10kg) 2. Akceptowalnym materiałem wejściowym jest RNA całkowite w ilości nie mniejszej niż 50 ng 3. Wykonawca dokona sprawdzenia i weryfikacji wymaganych parametrów wejściowego materiału przy użyciu Bioanalyzera 2100 lub TapeStation. 4. W przypadku negatywnej weryfikacji jakości próbki/próbek, wykonawca zezwala na jednokrotne dostarczenie dodatkowego materiału na swój koszt. W przypadku powtórnej negatywnej weryfikacji jakości próbek obie strony odstępują od umowy bez obciążania kosztami zamawiającego. 5. Wynikom eksperymentu towarzyszyć będzie raport podsumowujący zawierający m.in.: a. Informacje na temat metody i procedury eksperymentalnej b. Informacje odnośnie analizy danych c. Zbiorcze podsumowanie eksperymentu (informacje dotyczące próbek, samego przebiegu oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek). 6. Otrzymane dane surowe poddane będą wstępnej obróbce bioinformatycznej (demultipleksingowi) przez wykonawcę. 7. Po zakończeniu eksperymentu, dane surowe w formacie FASTQ będą udostępnione zamawiającemu poprzez dedykowany serwer FTP lub poprzez jakikolwiek inny protokół umożliwiający bezpieczny tryb dostępu. 8. Na żądanie, wykonawca dostarczy dane na nośniku (SSD, HDD, pamięć USB) dostarczonym przez zamawiającego. Koszty transportu pokrywa zamawiający 9. Czas trwania usługi nie powinien przekroczyć 8 tygodni licząc od momentu pozytywnej weryfikacji próbek pod względem jakościowym i ilościowym. 10. Usługodawca gwarantuje, że wszystkie wygenerowane dane będą nieodwracalnie usunięte po maksymalnie 6 miesiącach. Dane nie będą przechowywane i absolutnie nie będą użyte na potrzeby własnych analiz. 11. W ramach usługi, usługodawca zapewnia spersonalizowany dostęp do systemu zarządzania celem weryfikacji aktualnego statusu eksperymentu. 12. W ramach usługi, zleceniodawca informowany jest na bieżąco o postępach i etapach pracy nad zleconymi próbkami poprzez regularną komunikację z laboratorium. 13. Usługa obejmuje wsparcie techniczne i opiekę techniczną nad użytkownikiem.
  • II.1.4. Wspólny Słownik Zamówień (CPV): 73111000-3
  • II.1.5. Czy dopuszcza się złożenie oferty częściowej: nie

Sekcja IV - Procedura przetargowa

  • IV.1. Tryb udzielenia zamówienia
  • IV.1.1. Tryb udzielenia zamówienia: przetarg nieograniczony
  • IV.2. Kryteria oceny ofert
  • IV.2.2. Wykorzystana będzie aukcja elektroniczna: nie

Zobacz następny przetargZobacz poprzedni przetargPobierz ofertę w pliku pdfPowrót na stronę główną

Podobne ogłoszenia o przetargach