Przetargi.pl
świadczenie usługi sekwencjonowania genomowego okresie od dnia zawarcia umowy do 31.12.2020 r.

Państwowy Instytut Weterynaryjny - Państwowy Instytut Badawczy ogłasza przetarg

  • Adres: 24-100 Puławy, Al. Partyzantów
  • Województwo: lubelskie
  • Telefon/fax: tel. 818 893 000 , fax. 818 862 595
  • Data zamieszczenia: 2020-03-23
  • Zamieszczanie ogłoszenia: obowiązkowe

Sekcja I - Zamawiający

  • I.1. Nazwa i adres: Państwowy Instytut Weterynaryjny - Państwowy Instytut Badawczy
    Al. Partyzantów 57
    24-100 Puławy, woj. lubelskie
    tel. 818 893 000, fax. 818 862 595
    REGON: 80252000000000
  • Adres strony internetowej zamawiającego: https://piwet.ezamawiajacy.pl
  • I.2. Rodzaj zamawiającego: Instytut Badawczy

Sekcja II - Przedmiot zamówienia, przetargu

  • II.1. Określenie przedmiotu zamówienia
  • II.1.1. Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
    świadczenie usługi sekwencjonowania genomowego okresie od dnia zawarcia umowy do 31.12.2020 r.
  • II.1.2. Rodzaj zamówienia:
  • II.1.3. Określenie przedmiotu oraz wielkości lub zakresu zamówienia:
    Przedmiotem usługi jest sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz rozszerzoną analizą bioinformatyczną Próbki będą wysyłane sukcesywnie w czasie trwania umowy. Pozostałe będą wysyłane sukcesywnie w czasie trwania umowy, tj. od dnia jej zawarcia do 31.12.2020 r. Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła minimum 12 próbek Pierwsza partia 8 próbek jest już gotowa do wysłania. Maksymalna ilość prób w czasie trwania umowy z uwzględnieniem prawa opcji –25. Opis wymagań dotyczących usługi Materiał – genom koronowirusa epidemicznej biegunki świń (PEDV) oraz innych patogenów wirusowych zidentyfikowanych w próbkach kału oraz w uzyskanych izolatkach. Sekwencjonowanie wirusów RNA (określenie całościowej populacji wirusów RNA w próbce). Maksymalne parametry dostarczanego materiału jakie Zamawiający jest w stanie spełnić - wyizolowane DNA/RNA zawieszone w buforze elucyjnym lub dsDNA uzyskane po odwrotnej transkrypcji (objętość ok. 30µl) - Stężenie próbki: ok 10 ng/µl - Czystość próbki: OD260/280 = 1,6 - 2,0 Minimalne wymagane parametry usługi: - Usługa składa się z dwóch integralnych części: przygotowania bibliotek z powierzonego RNA całkowitego oraz sekwencjonowania na platformie Illumina - Biblioteki cDNA przygotowane będą przez dostawcę z RNA całkowitego dostarczonego przez zamawiającego - W przypadku negatywnej weryfikacji jakości próbki/próbek, wykonawca zezwala na jednokrotne dostarczenie dodatkowego materiału na swój koszt. - Sekwencjonowanie przeprowadzone zostanie na platformie Illuminy, w trybie odczytów sparowanych (pair-end) - Sekwencjonowanie obejmuje odczyt sekwencji 18 próbek z ilością danych > 1,5-2Gb na próbkę - Wynikom eksperymentu towarzyszyć będzie raport podsumowujący zawierający m.in.: a. Informacje na temat metody i procedury eksperymentalnej b. Informacje odnośnie analizy danych c. Zbiorcze podsumowanie eksperymentu (informacje dotyczące próbek, samego przebiegu oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek). - Otrzymane dane surowe poddane będą wstępnej obróbce bioinformatycznej (demultipleksingowi i usuwaniu sekwencji adapterowych) przez wykonawcę oraz podstawowej analizie bioinformatycznej (przycinanie odczytów, przygotowanie plików wynikowych w formacie fasta oraz danych surowych) oraz określenie poszczególnych populacji mikroorganizmów w próbce. Przedmiotem usługi jest sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz rozszerzoną analizą bioinformatyczną Próbki będą wysyłane sukcesywnie w czasie trwania umowy. Pozostałe będą wysyłane sukcesywnie w czasie trwania umowy, tj. od dnia jej zawarcia do 31.12.2020 r. Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła minimum 12 próbek Pierwsza partia 8 próbek jest już gotowa do wysłania. Maksymalna ilość prób w czasie trwania umowy z uwzględnieniem prawa opcji –25. Opis wymagań dotyczących usługi Materiał – genom koronowirusa epidemicznej biegunki świń (PEDV) oraz innych patogenów wirusowych zidentyfikowanych w próbkach kału oraz w uzyskanych izolatkach. Sekwencjonowanie wirusów RNA (określenie całościowej populacji wirusów RNA w próbce). Maksymalne parametry dostarczanego materiału jakie Zamawiający jest w stanie spełnić - wyizolowane DNA/RNA zawieszone w buforze elucyjnym lub dsDNA uzyskane po odwrotnej transkrypcji (objętość ok. 30µl) - Stężenie próbki: ok 10 ng/µl - Czystość próbki: OD260/280 = 1,6 - 2,0 Minimalne wymagane parametry usługi: - Usługa składa się z dwóch integralnych części: przygotowania bibliotek z powierzonego RNA całkowitego oraz sekwencjonowania na platformie Illumina - Biblioteki cDNA przygotowane będą przez dostawcę z RNA całkowitego dostarczonego przez zamawiającego - W przypadku negatywnej weryfikacji jakości próbki/próbek, wykonawca zezwala na jednokrotne dostarczenie dodatkowego materiału na swój koszt. - Sekwencjonowanie przeprowadzone zostanie na platformie Illuminy, w trybie odczytów sparowanych (pair-end) - Sekwencjonowanie obejmuje odczyt sekwencji 18 próbek z ilością danych > 1,5-2Gb na próbkę - Wynikom eksperymentu towarzyszyć będzie raport podsumowujący zawierający m.in.: a. Informacje na temat metody i procedury eksperymentalnej b. Informacje odnośnie analizy danych c. Zbiorcze podsumowanie eksperymentu (informacje dotyczące próbek, samego przebiegu oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek). - Otrzymane dane surowe poddane będą wstępnej obróbce bioinformatycznej (demultipleksingowi i usuwaniu sekwencji adapterowych) przez wykonawcę oraz podstawowej analizie bioinformatycznej (przycinanie odczytów, przygotowanie plików wynikowych w formacie fasta oraz danych surowych) oraz określenie poszczególnych populacji mikroorganizmów w próbce Przedmiotem usługi jest sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz rozszerzoną analizą bioinformatyczną Próbki będą wysyłane sukcesywnie w czasie trwania umowy. Pozostałe będą wysyłane sukcesywnie w czasie trwania umowy, tj. od dnia jej zawarcia do 31.12.2020 r. Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła minimum 12 próbek Pierwsza partia 8 próbek jest już gotowa do wysłania. Maksymalna ilość prób w czasie trwania umowy z uwzględnieniem prawa opcji –25. Opis wymagań dotyczących usługi Materiał – genom koronowirusa epidemicznej biegunki świń (PEDV) oraz innych patogenów wirusowych zidentyfikowanych w próbkach kału oraz w uzyskanych izolatkach. Sekwencjonowanie wirusów RNA (określenie całościowej populacji wirusów RNA w próbce). Maksymalne parametry dostarczanego materiału jakie Zamawiający jest w stanie spełnić - wyizolowane DNA/RNA zawieszone w buforze elucyjnym lub dsDNA uzyskane po odwrotnej transkrypcji (objętość ok. 30µl) - Stężenie próbki: ok 10 ng/µl - Czystość próbki: OD260/280 = 1,6 - 2,0 Minimalne wymagane parametry usługi: - Usługa składa się z dwóch integralnych części: przygotowania bibliotek z powierzonego RNA całkowitego oraz sekwencjonowania na platformie Illumina - Biblioteki cDNA przygotowane będą przez dostawcę z RNA całkowitego dostarczonego przez zamawiającego - W przypadku negatywnej weryfikacji jakości próbki/próbek, wykonawca zezwala na jednokrotne dostarczenie dodatkowego materiału na swój koszt. - Sekwencjonowanie przeprowadzone zostanie na platformie Illuminy, w trybie odczytów sparowanych (pair-end) - Sekwencjonowanie obejmuje odczyt sekwencji 18 próbek z ilością danych > 1,5-2Gb na próbkę - Wynikom eksperymentu towarzyszyć będzie raport podsumowujący zawierający m.in.: a. Informacje na temat metody i procedury eksperymentalnej b. Informacje odnośnie analizy danych c. Zbiorcze podsumowanie eksperymentu (informacje dotyczące próbek, samego przebiegu oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek). - Otrzymane dane surowe poddane będą wstępnej obróbce bioinformatycznej (demultipleksingowi i usuwaniu sekwencji adapterowych) przez wykonawcę oraz podstawowej analizie bioinformatycznej (przycinanie odczytów, przygotowanie plików wynikowych w formacie fasta oraz danych surowych) oraz określenie poszczególnych populacji mikroorganizmów w próbce Przedmiotem usługi jest sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz rozszerzoną analizą bioinformatyczną Próbki będą wysyłane sukcesywnie w czasie trwania umowy. Pozostałe będą wysyłane sukcesywnie w czasie trwania umowy, tj. od dnia jej zawarcia do 31.12.2020 r. Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła minimum 12 próbek Pierwsza partia 8 próbek jest już gotowa do wysłania. Maksymalna ilość prób w czasie trwania umowy z uwzględnieniem prawa opcji –25. Opis wymagań dotyczących usługi Materiał – genom koronowirusa epidemicznej biegunki świń (PEDV) oraz innych patogenów wirusowych zidentyfikowanych w próbkach kału oraz w uzyskanych izolatkach. Sekwencjonowanie wirusów RNA (określenie całościowej populacji wirusów RNA w próbce). Maksymalne parametry dostarczanego materiału jakie Zamawiający jest w stanie spełnić - wyizolowane DNA/RNA zawieszone w buforze elucyjnym lub dsDNA uzyskane po odwrotnej transkrypcji (objętość ok. 30µl) - Stężenie próbki: ok 10 ng/µl - Czystość próbki: OD260/280 = 1,6 - 2,0 Minimalne wymagane parametry usługi: - Usługa składa się z dwóch integralnych części: przygotowania bibliotek z powierzonego RNA całkowitego oraz sekwencjonowania na platformie Illumina - Biblioteki cDNA przygotowane będą przez dostawcę z RNA całkowitego dostarczonego przez zamawiającego - W przypadku negatywnej weryfikacji jakości próbki/próbek, wykonawca zezwala na jednokrotne dostarczenie dodatkowego materiału na swój koszt. - Sekwencjonowanie przeprowadzone zostanie na platformie Illuminy, w trybie odczytów sparowanych (pair-end) - Sekwencjonowanie obejmuje odczyt sekwencji 18 próbek z ilością danych > 1,5-2Gb na próbkę - Wynikom eksperymentu towarzyszyć będzie raport podsumowujący zawierający m.in.: a. Informacje na temat metody i procedury eksperymentalnej b. Informacje odnośnie analizy danych c. Zbiorcze podsumowanie eksperymentu (informacje dotyczące próbek, samego przebiegu oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek). - Otrzymane dane surowe poddane będą wstępnej obróbce bioinformatycznej (demultipleksingowi i usuwaniu sekwencji adapterowych) przez wykonawcę oraz podstawowej analizie bioinformatycznej (przycinanie odczytów, przygotowanie plików wynikowych w formacie fasta oraz danych surowych) oraz określenie poszczególnych populacji mikroorganizmów w próbce Pozostałe wymagania: Koszty transportu próbek ponosi wykonawca. Niezwłocznie po otrzymaniu materiału Wykonawca ma obowiązek sprawdzenia jego przydatności do analizy. Jeśli na tym etapie Wykonawca stwierdzi niemożliwość wykonania analizy zobowiązany jest do niezwłocznego powiadomienia osoby zlecającej usługę. W ramach usługi, zleceniodawca informowany jest na bieżąco o postępach i etapach pracy nad zleconymi próbkami poprzez regularną komunikację z laboratorium. Usługa obejmuje wsparcie techniczne i opiekę techniczną nad użytkownikiem. W ramach usługi, usługodawca nie będzie zlecał poszczególnych etapów eksperymentu (e.g. przygotowania biblioteki, sekwencjonowania itp.) osobnym podwykonawcom. Wymagane przeprowadzenie sekwencjonowania na urządzeniu Illumina. Wszystkie analizy powinny być wykonane na tym samym urządzeniu przez cały okres trwania umowy. Dostarczenie wyników na nośniku w terminie 3 tygodni od dnia dostarczenia próbek.
  • II.1.4. Wspólny Słownik Zamówień (CPV): 73111000-3
  • II.1.5. Czy dopuszcza się złożenie oferty częściowej: nie

Sekcja IV - Procedura przetargowa

  • IV.1. Tryb udzielenia zamówienia
  • IV.1.1. Tryb udzielenia zamówienia: przetarg nieograniczony
  • IV.2. Kryteria oceny ofert
  • IV.2.2. Wykorzystana będzie aukcja elektroniczna: nie
  • IV.3. Informacje administracyjne
  • IV.3.5. Termin związania ofertą:

Zobacz następny przetargZobacz poprzedni przetargPobierz ofertę w pliku pdfPowrót na stronę główną

Podobne ogłoszenia o przetargach